Ieteicams 2019

Redaktora Izvēle

Viskija biodegviela: Skotijas inženieri vēlas dot savu automašīnu stingru dzērienu
Pēc mikrokredīta aizdevumiem uzņēmumu īpašnieki ir sliktāki, pētījums atklāj
Kā Mighty Quasars plūsma

Ģenētisko attālumu vizualizācija, n daļa

Anonim

Zack Ajmal ir izmantojis savu Reference 3 datu komplektu, lai pastaigāties Harappa dzimtajā projektā. Vai precīzāk, viņš bija vadījis savu datoru, lai sašaurinātu ADMIXTURE rezultātus, uzņemot vēlāk K 's. Tā kā tas ir Harappa dzimtcilmes projekts, Zack populācijas ir pārslogotas ar Dienvidu aziātiem. Viņam izdevās iegūt informāciju no Indijas vēstures rekonstrukcijas. Ja atcerēsies šo papīru, parādījās, ka Dienvidāzijas komponents, kas izņem no pirmtiesības struktūras secinājumu algoritmiem, patiešām var būt stabilizēta divu seno populāciju hibrīds - "Ancestral North Indies" (ANI) un "Ancestral South Indians" (ASI) hibrīds. ANI ir iedzīvotāju skaits, ko salīdzinoši viegli salīdzināt ar citiem Rietumeirazijas iedzīvotājiem. Nav "tīru" ASI grupu, bet tuvākie Andaman salu pamatiedzīvotāji ir atraduši atšķirību no kontinentālās ASI populācijas pirms desmitiem tūkstošu gadu.

Pie K = 11, tas ir, 11 secinātas senču populācijas, šķiet, ka Zack tagad ir paklupis uz modeļiem, kurus varētu gaidīt no šī austrumu austrumu hibrīda modeļa. Ļaujiet man citēt viņu:

Tagad ļaujiet ņemt visas atsauces populācijas ar Onge komponentu no 10% līdz 50% un izmantot iepriekšējo vienādojumu, lai aprēķinātu ASI procentuālo daļu. Rezultāti ir izklājlapā. Ir vairākas populācijas ar vēl augstāku Ancestral South Indijas, nekā jebkura no Reich et al grupas, ar Paniya ir visaugstākais 67, 4%.

R-kvadrāts starp% ASI un% Onge, Andaman grupa, ir 0.994. Tas nozīmē, ka 99, 4% no pirmās variācijas var izskaidrot ar pēdējo variantu. ASI% ir vienmēr lielāks par Onge. Kāpēc Pēdējie Andaman salinieku un ASI kopējie senči atšķīrās desmitu tūkstošu gadu laikā. Dienekes novēroja, ka ADMIXTURE vajadzīga laba atsauces populācija, un Onge ir tik ilgi novirzīti no pēdējā kopīgā sencieņa ar kontinentālās ASI populācijas, ka tā nav perfekta proxy šajā senajā grupā. Bet šķiet, ka nepietiekamais novērtējums sistemātiski ir neobjektīvs vienā virzienā, tāpēc tas izskaidro labo atbilstību starp abām tendencēm.

Zack dabiski radīja pāris Fsts matricu starp šiem secinājumiem senču populācijās. Atcerieties, ka Fst vērtības vērtība parāda ģenētiskās dispersijas īpatsvaru abās populācijās, kuras var sadalīt pa tām, bet ne to robežās. Tāpēc tas ir aptuvens ģenētiskā attāluma rādītājs.

Šeit ir matrica. Esmu pārņēmusi dažas populācijas:



S ĀzijasAndamansE ĀzijasSW ĀzijasEiropasSibīrijasW ĀfrikasPapuansAmerindianKhoisan / PygmyE Āfrikas
S Āzijas00.1650, 1210, 090.0710.1340, 1840.210, 1750.2610, 15
Andamans0.16500, 1220.1610, 1520.1440.2240.2090, 2070.3040.304
E Āzijas0, 1210, 12200, 1520.1370, 0670, 2160, 2050.1390.2940, 187
SW Āzijas0, 090.1610, 15200.0480, 1630.1790, 2350.2080.2570.143
Eiropas0.0710, 1520.1370.04800.1430.1860.2230, 1780.2610.148
Sibīrijas0.1340.1440, 0670, 1630.14300, 2320.2280.1410.3110, 203
W Āfrikas0, 1840.2240, 2160.1790.1860, 23200, 2860.2810, 1230, 059
Papuans0.210.2090, 2050, 2350.2230.2280, 28600, 290.3670, 26
Amerindian0, 1750, 2070.1390.2080, 1780.1410.2810, 2900.3640.252
Khoisan / Pygmy0.2610.3040.2940.2570.2610.3110, 1230.3670.36400.133
E Āfrikas0, 150.1950, 1870.1430.1480, 2030, 0590, 260.2520.1330


Augstāk minētie Dienvidāzijas iedzīvotāji ļoti atšķiras no komponentiem, kurus jūs agrāk redzējāt. Šķiet līdzvērtīgs ANI vairāk nekā jebkas cits. Tas ir labs atgādinājums, ka etiķetes, ko mēs dodam šīm senču grupām, ir mnemonikas, tās nedrīkst uztvert kā burtisku un konkrētu. Personiski es uzskatu, ka Fst matricas ir grūti lasāmas, tāpēc es radīju vairākus daudzdimensiju mērogojamības diagrammas, kas ilustrē attiecības ar matricu. Skaidrību var panākt, sajaucot un saskaņojot iedzīvotājus, tāpēc es to daru. Arī es rādīšu tikai 1. un 2. dimensiju. Atcerieties, ka 1. dimensija ir tāda, ar lielāku svaru.

Neuzskatu par to kā par reālu konkrētu populāciju, no kuras radās visas mūsdienu populācijas. Šīs vienpadsmit populācijas ir abstrakcijas, kas atbilst algoritma diktātiem. Bet es domāju, ka, ņemot vērā šo brīdinājumu, ir pamanāmi modeļi.

Pirmkārt, "SW Āzijas" komponents nav daudz tuvāks "afrikāņiem" nekā pārējās Rietumeirazijas grupas. Tomēr patiesībā mēs zinām, ka Dienvidrietumu Āzijas iedzīvotāji ir tuvāk afrikāņiem. Kas notiek? Dienvidrietumu Āfrikas populācijas ir Āfrikas piejaukums. Un šī piedeva ir pietiekami nesen, ka tas viegli izkliedējas. Tas ir pretstatā normālām Dienvidāzijas modālām sastāvdaļām, kas liecina par lielāku laiku pēc piedevas, kas bija pietiekami pamatots, lai tas nebūtu mazsvarīgs, lai iznīcinātu abas senču grupas no viena otras ģenētiskā fona. Sadalīšana un kodolsintēze ir normālas ģeogrāfiski ekspansīvu sugu vēstures daļas. ADMIXTURE uztvers agrākās kodolsintēzes daļas. Bet pēc pietiekami ilga laika šī kodolsintēze kļūst par tās atšķirīgo elementu.

Parastā austrumu-rietumu dalība, kuru jūs redzat Eirāzijā PCA, bet jūs redzat arī pierādījumus par sekundāro komponentu ziemeļiem un dienvidiem uz šiem zemes gabaliem. Andamānas iedzīvotāji ir tuvāk Austrumeirazijas iedzīvotājiem nekā Rietumeirazijas iedzīvotāji, taču viņi arī ieņem savu pozīciju, kas izceļ ziemeļu-dienvidu asi.

Visbeidzot, S. Āzijas / ANI populācija šķiet nedaudz tuvāk "eiropiešiem" nekā "SW aziātiem. Tas ir interesanti. Bet tas, kur jums ir jābūt ļoti uzmanīgiem un jāatceras, ka šie "tīri" priekšteča komponenti var sevi daļēji sadalīt aizvietojošos elementos augstākajos K vai arī, ja jūs pietiekami ierobežojat datu kopu (afrikāņi un inbreda grupas ir ADGMAKTŪRĀ). Ja jūs esat izlasījis visus genoma emuāru autori, jūs apzināties, ka "Eiropas" un "SW Āzijas" komponenti paši sevi pārtrauc pēc ciešākas pārbaudes. "SW Āzijas" komponents parasti sadalās ziemeļu un dienvidu daļā. Ziemeļu filiāle bieži novietota tuvāk citām "Eiropas" grupām, nevis ģeogrāfiskajam attālumam attiecībā uz dienvidu nozari. Šeit ir atlasītas Rietumeirazijas grupas, kas sakārtotas pēc to "S Āzijas" proporcijas:


Dienvidāzijas%
Iraņi30%
Lezgins (kaukāzietis)29%
Gruzīni (kaukāzietis)26%
Adijgeja (kaukāzietis)24%
Armēņi22%
Turki21%
Sīrieši19%
Druze18%
Libānas17%
Samarieši16%
Palestīniešu15%
Kipras iedzīvotāji14%
Saūda Arābijas14%
Jemeniešu14%
Krievu valoda8%
Tuscans7%
Ungāri7%
Utah baltās7%
Orcadian5%
Britu5%
Franču valoda5%
Itāļu valoda5%
Somu valoda4%

Tāpat novērojiet, ka attālums starp austriešu un eiropiešiem ir mazāks nekā starp eiropiešiem un S aziātiem. Iespējams, ka krustojot K 's vai ierobežojot Rietumeirazijas grupu datu kopumu, varētu rasties arī smalkākas attiecības.

Populārākas Kategorijas

Top